Sus objetivos principales son educar al público y despertar su interés por los creadores latinoamericanos, contribuir al conocimiento de las producciones culturales de América latina fomentando el reconocimiento de la diversidad cultural y artística de esta región y compartir la responsabilidad de este esfuerzo con la comunidad nacional e internacional promoviendo el intercambio artístico entre instituciones nacionales, regionales e internacionales, y apoyando programas innovadores centrados en las artes visuales y en la cultura latinoamericana.
Malba funciona en un edificio construido especialmente por la Fundación Eduardo F. Costantini, a partir de un concurso internacional lanzado en el marco de la VII Bienal de Arquitectura de Buenos Aires BA/97. El proyecto arquitectónico ganador (que cuenta con múltiples premios y menciones internacionales) fue elaborado por el estudio cordobés AFT Arquitectos, integrado por Gastón Atelman, Martín Fourcade y Alfredo Tapia.
El proyecto se desarrolló con el propósito de integrar el edificio a la ciudad y generar un entorno propicio para disfrutar de las obras de arte, cumpliendo con normas internacionales de exhibición y conservación. El programa arquitectónico quedó constituido por un hall de entrada, salas de exhibiciones permanentes y temporarias, terrazas de esculturas, un auditorio, restaurante, tienda, áreas de oficinas, talleres de conservación y de mantenimiento, depósito general, sala de máquinas y central de inteligencia.
Las salas principales pueden ser compartimentadas en diferentes galerías y se adecuan a los distintos formatos que demanda la exhibición de la colección permanente y de las muestras temporales. Están concebidas como arquitectura sin distracciones visuales, "cajas blancas" socavadas estratégicamente para permitir la entrada de luz natural tamizada y para generar un ámbito adecuado de apreciación de las obras de arte. Cada una de ellas posee las condiciones técnicas y tecnológicas necesarias para garantizar la integridad y la conservación de las obras exhibidas, de acuerdo con las premisas internacionales de seguridad y calidad.
Los grandes prismas revestidos de piedra caliza, los planos vidriados, la configuración de las diferentes salas y de los espacios vitales del museo conforman una arquitectura de eficiente neutralidad y hacen del museo un referente para la cultura de la ciudad de Buenos Aires. Su concepción arquitectónica implica una forma específica de comunicación entre la ciudad, sus habitantes y el arte.